Hola:
Esto no es una propuesta, es una recomendación.
Excel es una herramienta con muchas y variadas capacidades, pero para lo que indicas los más recomendable sería que usases una base de datos (por si sola o en combinación con una hoja de calculo o procesador de textos) . Hay cantidad de bases de datos libres en el mercado, puedes usar open office o libre office por ejemplo, y si ya tienes MS Office la propia Access.
En lo único que debes poner atención es en el diseño de la base de datos y las tablas, ya que si no lo haces bien la localización y tratamiento de los datos se te complicará al ir creciendo su volumen. El diseño de la base de datos es un tema, su operatividad con la facturación otra.
Si tienes dudas o alguna consulta puedes enviarme un mensaje y estaré encantado de ayudarte en el planteamiento, para que puedas perfilar lo que necesitas.
Un saludo.