Si lo que necesita es una aplicación que permita planificar tareas (copiar un directorio, borrar un directorio, ejecutar comandos en la consola o ejecutar otra tarea creada en java) de forma dinámica y que se ejecuten periódicamente o una sola vez, puedo tener la solución.
Hace tiempo desarrolle una aplicación que se encargaba de leer en linea varios handpunch cada cierto tiempo y cada handpunch con una frecuencia diferente, esto mediante expresiones CRON, así mismo crear 4 tipos de clases basicas (copiar, borrar, comandoConsola y llamado a ClaseJob), ClaseJob se usara para llamar otras clases o tareas mas especificas que son Crear un Reporte, realizar un proceso, que se haya creado en la aplicación etc.
Adicional se otorga la posibilidad de monitorear por pantalla la lista de las tareas corriendo, su próxima ejecución, su ultima ejecución y si esta activa o inactiva. (para en caso de que se quiera suspender)
Ahora bien, seria conveniente considerar si la aplicación se desea con interfaz web, escritorio o se va a ejecutar en modo consola. (Ya que esto puede influir en el tiempo de desarrollo por eso se coloco 3 días)
Ademas la aplicación contara con un log sencillo para monitorear su funcionamiento.